Boîtes par bloc : F, P et lettres
Des boîtes à moustaches réunies en blocs sous des crochets de l’axe ; dans chaque bloc, une ANOVA à un facteur avec son F (degrés de liberté en indice) et son P écrits au-dessus, et les lettres du test de Tukey sur chaque boîte, comme la figure de Nature Microbiology (2025).
Comparaison de groupes · ANOVA par bloc : F, P et lettres · 5 crédits
Lancer cette figure (nouvel onglet)1.Définition
La figure
Des boîtes à moustaches réunies en blocs sous des crochets de l’axe ; dans chaque bloc, une ANOVA à un facteur avec son F (degrés de liberté en indice) et son P écrits au-dessus, et les lettres du test de Tukey sur chaque boîte, comme la figure de Nature Microbiology (2025).
L’analyse statistique : ANOVA par bloc : F, P et lettres
Une ANOVA à un facteur refaite dans chaque bloc (groupe de réponse, site) : F avec ses degrés de liberté et P au-dessus de chaque bloc, lettres de Tukey sur chaque boîte, comme la figure de Ginnan et al. 2025.
2.Lancer l’analyse
Les étapes de « Nouvelle analyse », dans l’ordre : ce que chacune demande, et pourquoi.
Étape 1 : Choisir la figure
Ouvrez « Nouvelle analyse », famille « Comparer » du ruban, puis cette figure.
Pourquoi : Chaque figure a ses propres options : la choisir d’abord fixe celles qui la font et masque celles des autres figures.
Étape 2 : Importer les données
Un fichier CSV, TXT ou Excel (.xlsx, .xls) de 50 Mo et 200 000 lignes au plus, ou « Utiliser le jeu d’exemple » : sur lui, la figure est gratuite.
Pourquoi : Le fichier est lu dans votre navigateur : seules les colonnes que vous choisirez partiront au calcul, et elles sont effacées du serveur au bout de 24 h.
Étape 3 : Vérifier le type des colonnes
Chaque colonne est reconnue numérique, catégorielle ou texte ; un clic sur son type le change.
Pourquoi : Le rôle qu’une colonne peut prendre dépend de son type : un facteur codé 1, 2, 3 doit passer en catégorielle pour être lu comme des groupes.
Étape 4 : Attribuer les rôles
Dites ce que représente chaque colonne, et ce que la figure vous demande :
- Une ligne par individu : la mesure, le facteur de l’axe et, facultatifs, la couleur et le bloc
- Facultatif : le texte écrit sous chaque boîte (« 0<br>JE » sur deux lignes)
Pourquoi : Les rôles disent au moteur ce qui est mesuré, ce qui l’explique et ce qui groupe les observations : la même table répond à des questions différentes selon eux.
Étape 5 : Régler les options
Les options qui font cette figure sont déjà fixées. Restent :
- Facteur de l’axe, couleur croisée et bloc : Le facteur de l’axe (jour, dose), une couleur croisée facultative (âge, variété) et le bloc qui sépare les tests.
- Niveaux gardés et leur ordre : Pour montrer seulement les niveaux de votre question, dans l’ordre de votre récit.
- Niveau de confiance (90, 95 ou 99 %) : Fixe le seuil α (0,10, 0,05 ou 0,01) sous lequel une différence est dite significative. 95 % est la convention des revues ; 99 % si vous testez beaucoup de choses à la fois.
Pourquoi : Les valeurs par défaut sont les conventions des revues ; ne les changez que pour une raison que vous sauriez écrire dans votre section Méthodes.
Étape 6 : Lancer le calcul
Gratuit et complet sur le jeu d’exemple. Sur vos données : 5 crédits débités au lancement ; sans assez de crédits, un aperçu flouté, à débloquer pour 5 crédits.
Pourquoi : Le calcul est fait par R sur nos serveurs, et vous suivez ses étapes. S’il échoue, les crédits sont rendus.
Étape 7 : Lire les résultats
Les tableaux, l’interprétation en français ou en anglais et le paragraphe « Méthodes » prêt pour votre manuscrit.
Pourquoi : Chaque chiffre vient de R, et chaque phrase est un modèle rempli avec eux, jamais un texte inventé : vérifiez-les avec les tableaux.
Étape 8 : Télécharger la figure
PNG 300 DPI, PDF, EPS ou SVG, à 89 ou 183 mm ; les textes se modifient dans l’éditeur de figure.
Pourquoi : 89 mm est la largeur d’une colonne de revue, 183 mm celle d’une page : la figure est mise en page pour chacune, rien ne s’y chevauche.
3.Pourquoi et quand l’utiliser
Quand l’utiliser
Pour comparer une mesure entre des groupes faits d’un facteur (jour, dose) et d’une couleur (âge, variété), séparément dans plusieurs blocs (groupes de réponse, sites, saisons), quand chaque bloc garde son propre test.
Exemple de question : Dans chaque groupe de réponse, l’inhibition de l’hémagglutination change-t-elle entre J0, J7 et J90, chez les jeunes poules et les adultes ?
Ce que les résultats montrent
- Dans chaque bloc séparément, si les boîtes diffèrent (F₍ddl₁,ddl₂₎, P) et lesquelles (lettres).
- Les lettres ne se comparent pas d’un bloc à l’autre : chaque bloc a son propre test.
4.Méthode et packages R
Ce que le moteur R exécute pour cette figure : les packages, les fonctions principales, les étapes du calcul et les formules.
Packages R
- stats
- multcompView
- car
- ggtext
- legendry
par bloc : aov(y ~ cellule) → TukeyHSD → multcompLetters4
Fonctions principales
| Fonction | Package | Rôle |
|---|---|---|
| aov, TukeyHSD | stats | ANOVA et comparaisons par bloc |
| multcompLetters4 | multcompView | les lettres |
| leveneTest | car | égalité des variances |
| geom_richtext | ggtext | F en indice et P en italique |
| guide_axis_nested | legendry | les crochets des blocs |
Ce que fait le script, dans l’ordre
- Forme une boîte par combinaison présente de la couleur et du facteur, dans chaque bloc.
- Ajuste aov(mesure ~ boîte) dans chaque bloc : F, ddl, p et η².
- Compare les boîtes par TukeyHSD, puis attribue les lettres par multcompLetters4.
- Vérifie normalité (Shapiro-Wilk) et variances (Levene) bloc par bloc.
- Écrit F et P au-dessus de chaque bloc (ggtext) et nomme les blocs sous des crochets (legendry).
Formules principales
F de chaque bloc
F₍k−1, N−k₎ = CM_boîtes / CM_résiduel
Calculé sur les seules observations du bloc. P < α : au moins une boîte de ce bloc diffère.
η²
η² = SC_boîtes / SC_totale
La part de la variation du bloc expliquée par les boîtes.
À citer
- Tukey, J. W. (1949). Comparing individual means in the analysis of variance. Biometrics, 5(2), 99-114. doi:10.2307/3001913 (nouvel onglet)
- Piepho, H.-P. (2004). An algorithm for a letter-based representation of all-pairwise comparisons. Journal of Computational and Graphical Statistics, 13(2), 456-466. doi:10.1198/1061860043515 (nouvel onglet)
- Shapiro, S. S. & Wilk, M. B. (1965). An analysis of variance test for normality (complete samples). Biometrika, 52(3-4), 591-611. doi:10.1093/biomet/52.3-4.591 (nouvel onglet)
5.Données d’entrée
Une ligne par individu : la mesure, le facteur de l’axe, et en option la couleur, le bloc et le texte écrit sous chaque boîte.
Ce que la figure demande
- Une ligne par individu : la mesure, le facteur de l’axe et, facultatifs, la couleur et le bloc
- Facultatif : le texte écrit sous chaque boîte (« 0<br>JE » sur deux lignes)
Format : CSV, TXT ou Excel, une ligne d’en-tête avec le nom des colonnes. La virgule ou le point décimal, le séparateur et l’encodage sont reconnus seuls ; une case vide est une valeur manquante.
Le jeu d’exemple : Vaccin de Newcastle chez les poules
Rôles : Inhibition_pct de 258 poules (une prise de sang chacune), boîtes par Jour colorées par Age, un bloc par Groupe_reponse, le texte sous chaque boîte dans Etiquette.
6.Prix
5crédits
par lancement sur vos données. Chaque figure coûte 5 crédits, quelle qu’elle soit : la figure, ses tableaux, son interprétation et ses téléchargements sont compris.
| Pack | Prix du pack | Cette figure |
|---|---|---|
| Starter (50 crédits) | 500 FCFA | 50 FCFA |
| Standard (250 crédits) | 2 000 FCFA | 40 FCFA |
| Pro (700 crédits) | 5 000 FCFA | 36 FCFA |
- Gratuite sur son jeu d’exemple (newcastle_poules_inhibition.csv), résultats complets : pour la découvrir avant d’importer vos données.
- Sur vos données sans assez de crédits, elle se lance quand même en aperçu flouté, débloqué ensuite pour 5 crédits sans relancer le calcul.
- Si le calcul échoue, les crédits sont rendus.
- Paiement par mobile money ; voir les packs.
Lancer « Boîtes par bloc : F, P et lettres » sur vos données
Ou ouvrez-la gratuitement avec son jeu d’exemple pour voir chaque étape et des résultats complets avant d’importer votre fichier.