Barres empilées côte à côte
Les parts d’un même total (espèces, fractions d’une biomasse) empilées en barres, les deux groupes côte à côte ; une étoile marque chaque partie qui change entre eux.
1.Définition
La figure
Les parts d’un même total (espèces, fractions d’une biomasse) empilées en barres, les deux groupes côte à côte ; une étoile marque chaque partie qui change entre eux.
L’analyse statistique : Test t / Mann-Whitney
Compare une mesure entre deux groupes : test t de Welch ou de Student sur les moyennes, Mann-Whitney sur les rangs, ou leurs versions appariées quand les mêmes unités sont mesurées deux fois.
2.Lancer l’analyse
Les étapes de « Nouvelle analyse », dans l’ordre : ce que chacune demande, et pourquoi.
Étape 1 : Choisir la figure
Ouvrez « Nouvelle analyse », famille « Comparer » du ruban, puis cette figure.
Pourquoi : Chaque figure a ses propres options : la choisir d’abord fixe celles qui la font et masque celles des autres figures.
Étape 2 : Importer les données
Un fichier CSV, TXT ou Excel (.xlsx, .xls) de 50 Mo et 200 000 lignes au plus, ou « Utiliser le jeu d’exemple » : sur lui, la figure est gratuite.
Pourquoi : Le fichier est lu dans votre navigateur : seules les colonnes que vous choisirez partiront au calcul, et elles sont effacées du serveur au bout de 24 h.
Étape 3 : Vérifier le type des colonnes
Chaque colonne est reconnue numérique, catégorielle ou texte ; un clic sur son type le change.
Pourquoi : Le rôle qu’une colonne peut prendre dépend de son type : un facteur codé 1, 2, 3 doit passer en catégorielle pour être lu comme des groupes.
Étape 4 : Attribuer les rôles
Dites ce que représente chaque colonne, et ce que la figure vous demande :
- Deux à huit variables numériques, les parts d’un même total
- Une variable de groupe et les deux groupes comparés
Pourquoi : Les rôles disent au moteur ce qui est mesuré, ce qui l’explique et ce qui groupe les observations : la même table répond à des questions différentes selon eux.
Étape 5 : Régler les options
Les options qui font cette figure sont déjà fixées. Restent :
- Les deux groupes comparés : A est la référence : les différences se lisent B − A. Obligatoire si la colonne a plus de deux niveaux ; les autres lignes sont écartées.
- Welch, Student ou Mann-Whitney : Welch (défaut) ne suppose pas des variances égales et reste juste quand elles le sont ; Student seulement si elles le sont vraiment ; Mann-Whitney pour des données asymétriques, des scores ou de petits effectifs.
- Mesures appariées : Quand chaque unité (un animal, une parcelle) est mesurée dans les deux groupes : une colonne d’identifiant relie les paires, et le test porte sur les différences.
- Ajustement des p-values (Holm, Benjamini-Hochberg, aucun) : Plusieurs tests à la fois multiplient les faux positifs. Holm protège contre toute erreur (prudent) ; Benjamini-Hochberg contrôle la part de fausses découvertes (adapté à beaucoup de variables) ; aucun seulement pour un test isolé.
Pourquoi : Les valeurs par défaut sont les conventions des revues ; ne les changez que pour une raison que vous sauriez écrire dans votre section Méthodes.
Étape 6 : Lancer le calcul
Gratuit et complet sur le jeu d’exemple. Sur vos données : 5 crédits débités au lancement ; sans assez de crédits, un aperçu flouté, à débloquer pour 5 crédits.
Pourquoi : Le calcul est fait par R sur nos serveurs, et vous suivez ses étapes. S’il échoue, les crédits sont rendus.
Étape 7 : Lire les résultats
Les tableaux, l’interprétation en français ou en anglais et le paragraphe « Méthodes » prêt pour votre manuscrit.
Pourquoi : Chaque chiffre vient de R, et chaque phrase est un modèle rempli avec eux, jamais un texte inventé : vérifiez-les avec les tableaux.
Étape 8 : Télécharger la figure
PNG 300 DPI, PDF, EPS ou SVG, à 89 ou 183 mm ; les textes se modifient dans l’éditeur de figure.
Pourquoi : 89 mm est la largeur d’une colonne de revue, 183 mm celle d’une page : la figure est mise en page pour chacune, rien ne s’y chevauche.
3.Pourquoi et quand l’utiliser
Quand l’utiliser
Pour comparer entre deux groupes la répartition d’un total en parties (espèces dominantes, fractions de biomasse) et repérer les parties qui changent.
Exemple de question : Les principaux genres bactériens changent-ils entre la saison sèche et la saison pluvieuse ?
Ce que les résultats montrent
- Si les deux groupes diffèrent, de combien (différence et son IC 95 %) et avec quelle taille d’effet (g de Hedges ou r rang-bisérial).
- Les étoiles au-dessus du crochet résument la p : * < 0,05, ** < 0,01, *** < 0,001.
4.Méthode et packages R
Ce que le moteur R exécute pour cette figure : les packages, les fonctions principales, les étapes du calcul et les formules.
Packages R
- stats
- car
- ggplot2
t.test(y ~ groupe) · wilcox.test(y ~ groupe)
Fonctions principales
| Fonction | Package | Rôle |
|---|---|---|
| t.test | stats | Welch, Student, apparié |
| wilcox.test | stats | Mann-Whitney, rangs signés, décalage de Hodges-Lehmann |
| leveneTest | car | égalité des variances |
| p.adjust | stats | ajustement des p-values |
| ggplot | ggplot2 | boîtes, essaim, violon scindé, barres |
Ce que fait le script, dans l’ordre
- Garde les lignes des deux groupes choisis (et forme les paires si c’est apparié).
- Vérifie la normalité par groupe (Shapiro-Wilk) et l’égalité des variances (Levene).
- Calcule le test, la différence et son IC 95 %, puis la taille d’effet avec son IC.
- Ajuste les p-values quand plusieurs variables ou niveaux sont testés.
- Dessine la figure du style choisi avec le crochet et ses étoiles.
Formules principales
t de Welch
t = (x̄₂ − x̄₁) / √(s₁²/n₁ + s₂²/n₂)
x̄, s et n sont la moyenne, l’écart type et l’effectif de chaque groupe ; les degrés de liberté sont ceux de Welch-Satterthwaite. |t| grand et p < α : les moyennes diffèrent.
g de Hedges
g = (x̄₂ − x̄₁) / s_p × (1 − 3/(4(n₁ + n₂) − 9))
s_p est l’écart type commun. 0,2 : effet faible ; 0,5 : moyen ; 0,8 : fort. La correction rend g juste sur de petits effectifs.
Wilcoxon-Mann-Whitney
W = Σ rangs du groupe 1 − n₁(n₁ + 1)/2
Compte combien de fois une valeur du groupe 1 dépasse une valeur du groupe 2. Sans hypothèse de normalité ; p < α, une distribution est décalée par rapport à l’autre. r rang-bisérial = 2W/(n₁n₂) − 1.
À citer
- Welch, B. L. (1947). The generalization of « Student’s » problem when several different population variances are involved. Biometrika, 34(1-2), 28-35. doi:10.1093/biomet/34.1-2.28 (nouvel onglet)
- Mann, H. B. & Whitney, D. R. (1947). On a test of whether one of two random variables is stochastically larger than the other. The Annals of Mathematical Statistics, 18(1), 50-60. doi:10.1214/aoms/1177730491 (nouvel onglet)
5.Données d’entrée
Une ligne par observation, une colonne numérique par mesure, une colonne de groupe ; pour des mesures appariées, une colonne d’identifiant de l’unité.
Ce que la figure demande
- Deux à huit variables numériques, les parts d’un même total
- Une variable de groupe et les deux groupes comparés
Format : CSV, TXT ou Excel, une ligne d’en-tête avec le nom des colonnes. La virgule ou le point décimal, le séparateur et l’encodage sont reconnus seuls ; une case vide est une valeur manquante.
Le jeu d’exemple : Microbiote de sols sahéliens
Rôles : Cinq genres (lectures 16S) empilés, Sèche et Pluvieuse côte à côte (Saison).
6.Prix
5crédits
par lancement sur vos données. Chaque figure coûte 5 crédits, quelle qu’elle soit : la figure, ses tableaux, son interprétation et ses téléchargements sont compris.
| Pack | Prix du pack | Cette figure |
|---|---|---|
| Starter (50 crédits) | 500 FCFA | 50 FCFA |
| Standard (250 crédits) | 2 000 FCFA | 40 FCFA |
| Pro (700 crédits) | 5 000 FCFA | 36 FCFA |
- Gratuite sur son jeu d’exemple (microbiote_sols.csv), résultats complets : pour la découvrir avant d’importer vos données.
- Sur vos données sans assez de crédits, elle se lance quand même en aperçu flouté, débloqué ensuite pour 5 crédits sans relancer le calcul.
- Si le calcul échoue, les crédits sont rendus.
- Paiement par mobile money ; voir les packs.
Lancer « Barres empilées côte à côte » sur vos données
Ou ouvrez-la gratuitement avec son jeu d’exemple pour voir chaque étape et des résultats complets avant d’importer votre fichier.