Barres ± erreur standard
La moyenne de chaque combinaison de deux facteurs en barres, ± erreur standard, et les lettres de significativité après l’ANOVA à deux facteurs.
1.Définition
La figure
La moyenne de chaque combinaison de deux facteurs en barres, ± erreur standard, et les lettres de significativité après l’ANOVA à deux facteurs.
L’analyse statistique : ANOVA à deux facteurs
L’ANOVA à deux facteurs estime l’effet de deux facteurs croisés (zone × saison) sur une mesure, et teste leur interaction : l’effet de l’un dépend-il du niveau de l’autre ?
2.Lancer l’analyse
Les étapes de « Nouvelle analyse », dans l’ordre : ce que chacune demande, et pourquoi.
Étape 1 : Choisir la figure
Ouvrez « Nouvelle analyse », famille « Comparer » du ruban, puis cette figure.
Pourquoi : Chaque figure a ses propres options : la choisir d’abord fixe celles qui la font et masque celles des autres figures.
Étape 2 : Importer les données
Un fichier CSV, TXT ou Excel (.xlsx, .xls) de 50 Mo et 200 000 lignes au plus, ou « Utiliser le jeu d’exemple » : sur lui, la figure est gratuite.
Pourquoi : Le fichier est lu dans votre navigateur : seules les colonnes que vous choisirez partiront au calcul, et elles sont effacées du serveur au bout de 24 h.
Étape 3 : Vérifier le type des colonnes
Chaque colonne est reconnue numérique, catégorielle ou texte ; un clic sur son type le change.
Pourquoi : Le rôle qu’une colonne peut prendre dépend de son type : un facteur codé 1, 2, 3 doit passer en catégorielle pour être lu comme des groupes.
Étape 4 : Attribuer les rôles
Dites ce que représente chaque colonne, et ce que la figure vous demande :
- Une variable numérique
- Deux facteurs : l’axe des x et les couleurs
- Le test post-hoc : Tukey ou Bonferroni
Pourquoi : Les rôles disent au moteur ce qui est mesuré, ce qui l’explique et ce qui groupe les observations : la même table répond à des questions différentes selon eux.
Étape 5 : Régler les options
Les options qui font cette figure sont déjà fixées. Restent :
- Facteur A (axe) et facteur B (couleur) : A se lit sur l’axe des x, B en couleur. Mettez sur l’axe le facteur qui porte votre question principale.
- Sommes des carrés de type II : Imposées : elles restent justes sur les plans déséquilibrés du terrain, où une cellule a moins de répétitions.
- Niveau de confiance (90, 95 ou 99 %) : Fixe le seuil α (0,10, 0,05 ou 0,01) sous lequel une différence est dite significative. 95 % est la convention des revues ; 99 % si vous testez beaucoup de choses à la fois.
- Palette et couleurs des groupes : Seize palettes de revue (Okabe-Ito lisible par les daltoniens par défaut), ou une couleur par groupe à la roue : gardez les mêmes couleurs d’une figure à l’autre de votre article.
Pourquoi : Les valeurs par défaut sont les conventions des revues ; ne les changez que pour une raison que vous sauriez écrire dans votre section Méthodes.
Étape 6 : Lancer le calcul
Gratuit et complet sur le jeu d’exemple. Sur vos données : 5 crédits débités au lancement ; sans assez de crédits, un aperçu flouté, à débloquer pour 5 crédits.
Pourquoi : Le calcul est fait par R sur nos serveurs, et vous suivez ses étapes. S’il échoue, les crédits sont rendus.
Étape 7 : Lire les résultats
Les tableaux, l’interprétation en français ou en anglais et le paragraphe « Méthodes » prêt pour votre manuscrit.
Pourquoi : Chaque chiffre vient de R, et chaque phrase est un modèle rempli avec eux, jamais un texte inventé : vérifiez-les avec les tableaux.
Étape 8 : Télécharger la figure
PNG 300 DPI, PDF, EPS ou SVG, à 89 ou 183 mm ; les textes se modifient dans l’éditeur de figure.
Pourquoi : 89 mm est la largeur d’une colonne de revue, 183 mm celle d’une page : la figure est mise en page pour chacune, rien ne s’y chevauche.
3.Pourquoi et quand l’utiliser
Quand l’utiliser
Pour présenter les moyennes d’un plan à deux facteurs sous la forme la plus courante en agronomie : barres ± erreur standard et lettres.
Exemple de question : La conductivité des sols, signe de leur salinité, change-t-elle selon la zone et la saison ?
Ce que les résultats montrent
- L’effet de chaque facteur et de l’interaction (F, p, η² partiel), en sommes des carrés de type II.
- Si l’interaction est significative, les lettres comparent toutes les cellules ; sinon, les niveaux du facteur de l’axe.
4.Méthode et packages R
Ce que le moteur R exécute pour cette figure : les packages, les fonctions principales, les étapes du calcul et les formules.
Packages R
- stats
- car
- emmeans
- multcomp
aov(y ~ A * B) → emmeans(…, "tukey")
Fonctions principales
| Fonction | Package | Rôle |
|---|---|---|
| lm | stats | le modèle A * B |
| Anova (type II) | car | la table d’ANOVA |
| emmeans | emmeans | moyennes et comparaisons de Tukey |
| cld | multcomp | les lettres |
Ce que fait le script, dans l’ordre
- Ajuste mesure ~ A * B et calcule la table de type II par car::Anova.
- Vérifie normalité des résidus et égalité des variances entre cellules.
- Choisit les comparaisons : toutes les cellules A × B si l’interaction est significative, sinon les niveaux de A.
- Calcule les comparaisons de Tukey par emmeans, puis les lettres.
- Dessine boîtes (ou barres ± erreur) par cellule avec les lettres.
Formules principales
Modèle
yᵢⱼₖ = μ + αᵢ + βⱼ + (αβ)ᵢⱼ + εᵢⱼₖ
αᵢ et βⱼ sont les effets des niveaux de A et de B, (αβ)ᵢⱼ l’interaction, ε le résidu. L’interaction mesure ce que la combinaison ajoute à la somme des deux effets.
η² partiel
η²ₚ = SC_terme / (SC_terme + SC_résiduelle)
La part de variation due à un terme, une fois les autres mis de côté.
Égalité des variances (Levene centré sur la médiane)
zᵢⱼ = |yᵢⱼ − médiane du groupe j|, puis ANOVA sur les zᵢⱼ
Si les écarts à la médiane diffèrent entre groupes (p < 0,05), les variances ne sont pas égales : préférez Welch ou un test de rangs.
À citer
- Tukey, J. W. (1949). Comparing individual means in the analysis of variance. Biometrics, 5(2), 99-114. doi:10.2307/3001913 (nouvel onglet)
- Shapiro, S. S. & Wilk, M. B. (1965). An analysis of variance test for normality (complete samples). Biometrika, 52(3-4), 591-611. doi:10.1093/biomet/52.3-4.591 (nouvel onglet)
5.Données d’entrée
Une ligne par observation, une colonne numérique et deux colonnes de facteurs (par exemple Zone et Saison).
Ce que la figure demande
- Une variable numérique
- Deux facteurs : l’axe des x et les couleurs
- Le test post-hoc : Tukey ou Bonferroni
Format : CSV, TXT ou Excel, une ligne d’en-tête avec le nom des colonnes. La virgule ou le point décimal, le séparateur et l’encodage sont reconnus seuls ; une case vide est une valeur manquante.
Le jeu d’exemple : pH des sols du delta (Excel)
Rôles : Moyenne ± erreur standard de Conductivite_mScm pour chaque Zone × Saison.
6.Prix
5crédits
par lancement sur vos données. Chaque figure coûte 5 crédits, quelle qu’elle soit : la figure, ses tableaux, son interprétation et ses téléchargements sont compris.
| Pack | Prix du pack | Cette figure |
|---|---|---|
| Starter (50 crédits) | 500 FCFA | 50 FCFA |
| Standard (250 crédits) | 2 000 FCFA | 40 FCFA |
| Pro (700 crédits) | 5 000 FCFA | 36 FCFA |
- Gratuite sur son jeu d’exemple (delta_2023.xlsx), résultats complets : pour la découvrir avant d’importer vos données.
- Sur vos données sans assez de crédits, elle se lance quand même en aperçu flouté, débloqué ensuite pour 5 crédits sans relancer le calcul.
- Si le calcul échoue, les crédits sont rendus.
- Paiement par mobile money ; voir les packs.
Lancer « Barres ± erreur standard » sur vos données
Ou ouvrez-la gratuitement avec son jeu d’exemple pour voir chaque étape et des résultats complets avant d’importer votre fichier.