Boîtes et comparaisons deux à deux
Une boîte à moustaches par groupe aux contours colorés, ses points dispersés et, au-dessus, un crochet par paire de groupes avec sa p (test de Wilcoxon), comme ggpubr et stat_compare_means. Les crochets s’étagent pour que ni eux ni leurs p ne se chevauchent ; la figure s’allonge avec eux.
Comparaison de groupes · Boîtes et comparaisons deux à deux · 5 crédits
Lancer cette figure (nouvel onglet)1.Définition
La figure
Une boîte à moustaches par groupe aux contours colorés, ses points dispersés et, au-dessus, un crochet par paire de groupes avec sa p (test de Wilcoxon), comme ggpubr et stat_compare_means. Les crochets s’étagent pour que ni eux ni leurs p ne se chevauchent ; la figure s’allonge avec eux.
L’analyse statistique : Boîtes et comparaisons deux à deux
Une boîte par groupe et un crochet par paire comparée, avec sa p : la figure classique de ggpubr (stat_compare_means), placée sans chevauchement.
2.Lancer l’analyse
Les étapes de « Nouvelle analyse », dans l’ordre : ce que chacune demande, et pourquoi.
Étape 1 : Choisir la figure
Ouvrez « Nouvelle analyse », famille « Comparer » du ruban, puis cette figure.
Pourquoi : Chaque figure a ses propres options : la choisir d’abord fixe celles qui la font et masque celles des autres figures.
Étape 2 : Importer les données
Un fichier CSV, TXT ou Excel (.xlsx, .xls) de 50 Mo et 200 000 lignes au plus, ou « Utiliser le jeu d’exemple » : sur lui, la figure est gratuite.
Pourquoi : Le fichier est lu dans votre navigateur : seules les colonnes que vous choisirez partiront au calcul, et elles sont effacées du serveur au bout de 24 h.
Étape 3 : Vérifier le type des colonnes
Chaque colonne est reconnue numérique, catégorielle ou texte ; un clic sur son type le change.
Pourquoi : Le rôle qu’une colonne peut prendre dépend de son type : un facteur codé 1, 2, 3 doit passer en catégorielle pour être lu comme des groupes.
Étape 4 : Attribuer les rôles
Dites ce que représente chaque colonne, et ce que la figure vous demande :
- Une ligne par observation : une colonne numérique (la mesure) et une colonne de groupe, de 2 à 10 groupes
- Une colonne d’identifiants peut rester dans le fichier, elle n’est pas lue
Pourquoi : Les rôles disent au moteur ce qui est mesuré, ce qui l’explique et ce qui groupe les observations : la même table répond à des questions différentes selon eux.
Étape 5 : Régler les options
Les options qui font cette figure sont déjà fixées. Restent :
- Toutes les paires ou contre un témoin : Contre un témoin quand chaque groupe se compare à une référence (normal contre tumeur, témoin contre traitements).
- Wilcoxon, Welch ou Student : Wilcoxon (défaut, celui du script) sans hypothèse de normalité ; Welch pour des mesures à peu près normales.
- Ajustement des p-values (Holm, Benjamini-Hochberg, aucun) : Plusieurs tests à la fois multiplient les faux positifs. Holm protège contre toute erreur (prudent) ; Benjamini-Hochberg contrôle la part de fausses découvertes (adapté à beaucoup de variables) ; aucun seulement pour un test isolé.
Pourquoi : Les valeurs par défaut sont les conventions des revues ; ne les changez que pour une raison que vous sauriez écrire dans votre section Méthodes.
Étape 6 : Lancer le calcul
Gratuit et complet sur le jeu d’exemple. Sur vos données : 5 crédits débités au lancement ; sans assez de crédits, un aperçu flouté, à débloquer pour 5 crédits.
Pourquoi : Le calcul est fait par R sur nos serveurs, et vous suivez ses étapes. S’il échoue, les crédits sont rendus.
Étape 7 : Lire les résultats
Les tableaux, l’interprétation en français ou en anglais et le paragraphe « Méthodes » prêt pour votre manuscrit.
Pourquoi : Chaque chiffre vient de R, et chaque phrase est un modèle rempli avec eux, jamais un texte inventé : vérifiez-les avec les tableaux.
Étape 8 : Télécharger la figure
PNG 300 DPI, PDF, EPS ou SVG, à 89 ou 183 mm ; les textes se modifient dans l’éditeur de figure.
Pourquoi : 89 mm est la largeur d’une colonne de revue, 183 mm celle d’une page : la figure est mise en page pour chacune, rien ne s’y chevauche.
3.Pourquoi et quand l’utiliser
Quand l’utiliser
Pour montrer dans un article si une mesure diffère entre quelques groupes (tissu normal et tumeur, traitements, variétés), chaque paire avec sa p, ou chaque groupe contre un témoin.
Exemple de question : Le gène SEMA3D s’exprime-t-il moins dans les tumeurs que dans le tissu normal ?
Ce que les résultats montrent
- Chaque paire de groupes testée, et la p de chacune (ou ses étoiles).
- L’écart entre deux groupes (décalage de Hodges-Lehmann ou différence des moyennes) avec son IC 95 %, dans les tableaux.
4.Méthode et packages R
Ce que le moteur R exécute pour cette figure : les packages, les fonctions principales, les étapes du calcul et les formules.
Packages R
- stats
- ggpubr
combn(groupes, 2) → wilcox.test(b, a) (ou t.test) · p.adjust → ggboxplot + geom_bracket
Fonctions principales
| Fonction | Package | Rôle |
|---|---|---|
| wilcox.test, t.test | stats | tests des paires |
| ggboxplot, geom_bracket | ggpubr | boîtes et crochets |
| p.adjust | stats | ajustement |
Ce que fait le script, dans l’ordre
- Forme les paires (combn) ou les paires avec le témoin.
- Teste chaque paire, calcule l’écart, son IC 95 % et la taille d’effet.
- Ajuste les p si demandé ; au-delà de 3 groupes, ajoute un test global.
- Place les crochets par étages, du plus étroit au plus large, sans qu’aucune étiquette n’en touche une autre.
Formules principales
Wilcoxon-Mann-Whitney
W = Σ rangs du groupe 1 − n₁(n₁ + 1)/2
Compte combien de fois une valeur du groupe 1 dépasse une valeur du groupe 2. Sans hypothèse de normalité ; p < α, une distribution est décalée par rapport à l’autre. r rang-bisérial = 2W/(n₁n₂) − 1.
Décalage de Hodges-Lehmann
Δ = médiane des (yⱼ − xᵢ) sur toutes les paires
L’écart typique entre une valeur du groupe b et une du groupe a, robuste aux valeurs extrêmes.
Boîte à moustaches (Tukey)
boîte = [Q₁ ; Q₃], trait = médiane, moustaches jusqu’à la dernière valeur dans Q₁ − 1,5·EIQ et Q₃ + 1,5·EIQ
EIQ = Q₃ − Q₁ (quantiles de type 7, ceux de ggplot2). La moitié centrale des valeurs est dans la boîte ; les points au-delà des moustaches sont des valeurs extrêmes.
À citer
- Wilcoxon, F. (1945). Individual comparisons by ranking methods. Biometrics Bulletin, 1(6), 80-83. doi:10.2307/3001968 (nouvel onglet)
- Mann, H. B. & Whitney, D. R. (1947). On a test of whether one of two random variables is stochastically larger than the other. The Annals of Mathematical Statistics, 18(1), 50-60. doi:10.1214/aoms/1177730491 (nouvel onglet)
- Welch, B. L. (1947). The generalization of « Student’s » problem when several different population variances are involved. Biometrika, 34(1-2), 28-35. doi:10.1093/biomet/34.1-2.28 (nouvel onglet)
- McGill, R., Tukey, J. W. & Larsen, W. A. (1978). Variations of box plots. The American Statistician, 32(1), 12-16. doi:10.1080/00031305.1978.10479236 (nouvel onglet)
- Benjamini, Y. & Hochberg, Y. (1995). Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing. Journal of the Royal Statistical Society, Series B, 57(1), 289-300. doi:10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x (nouvel onglet)
5.Données d’entrée
Une ligne par observation : une colonne numérique et une colonne de groupe (2 à 10 groupes).
Ce que la figure demande
- Une ligne par observation : une colonne numérique (la mesure) et une colonne de groupe, de 2 à 10 groupes
- Une colonne d’identifiants peut rester dans le fichier, elle n’est pas lue
Format : CSV, TXT ou Excel, une ligne d’en-tête avec le nom des colonnes. La virgule ou le point décimal, le séparateur et l’encodage sont reconnus seuls ; une case vide est une valeur manquante.
Le jeu d’exemple : Expression de SEMA3D, tissu normal et tumeur
Rôles : SEMA3D de 407 échantillons (32 de tissu normal, 375 de tumeur), une boîte par Tissu et la p du test de Wilcoxon ; la colonne ID (identifiant) n’est pas lue.
6.Prix
5crédits
par lancement sur vos données. Chaque figure coûte 5 crédits, quelle qu’elle soit : la figure, ses tableaux, son interprétation et ses téléchargements sont compris.
| Pack | Prix du pack | Cette figure |
|---|---|---|
| Starter (50 crédits) | 500 FCFA | 50 FCFA |
| Standard (250 crédits) | 2 000 FCFA | 40 FCFA |
| Pro (700 crédits) | 5 000 FCFA | 36 FCFA |
- Gratuite sur son jeu d’exemple (expression_sema3d_tissus.csv), résultats complets : pour la découvrir avant d’importer vos données.
- Sur vos données sans assez de crédits, elle se lance quand même en aperçu flouté, débloqué ensuite pour 5 crédits sans relancer le calcul.
- Si le calcul échoue, les crédits sont rendus.
- Paiement par mobile money ; voir les packs.
Lancer « Boîtes et comparaisons deux à deux » sur vos données
Ou ouvrez-la gratuitement avec son jeu d’exemple pour voir chaque étape et des résultats complets avant d’importer votre fichier.