Carrés proportionnels, axes emboîtés
Dans chaque case encadrée, un carré de la taille de la corrélation et de la couleur de son signe, les étoiles au centre ; réponses et facteurs regroupés sous des bandeaux colorés.
Liens entre variables · Corrélations croisées et Mantel · 5 crédits
Lancer cette figure (nouvel onglet)1.Définition
La figure
Dans chaque case encadrée, un carré de la taille de la corrélation et de la couleur de son signe, les étoiles au centre ; réponses et facteurs regroupés sous des bandeaux colorés.
L’analyse statistique : Corrélations croisées et Mantel
Croise deux ensembles de variables (facteurs du milieu × espèces, par exemple) : chaque paire X × Y est corrélée, et le test de Mantel compare les distances entre lignes des deux ensembles.
2.Lancer l’analyse
Les étapes de « Nouvelle analyse », dans l’ordre : ce que chacune demande, et pourquoi.
Étape 1 : Choisir la figure
Ouvrez « Nouvelle analyse », famille « Relations » du ruban, puis cette figure.
Pourquoi : Chaque figure a ses propres options : la choisir d’abord fixe celles qui la font et masque celles des autres figures.
Étape 2 : Importer les données
Un fichier CSV, TXT ou Excel (.xlsx, .xls) de 50 Mo et 200 000 lignes au plus, ou « Utiliser le jeu d’exemple » : sur lui, la figure est gratuite.
Pourquoi : Le fichier est lu dans votre navigateur : seules les colonnes que vous choisirez partiront au calcul, et elles sont effacées du serveur au bout de 24 h.
Étape 3 : Vérifier le type des colonnes
Chaque colonne est reconnue numérique, catégorielle ou texte ; un clic sur son type le change.
Pourquoi : Le rôle qu’une colonne peut prendre dépend de son type : un facteur codé 1, 2, 3 doit passer en catégorielle pour être lu comme des groupes.
Étape 4 : Attribuer les rôles
Dites ce que représente chaque colonne, et ce que la figure vous demande :
- Les variables X : les facteurs
- Les variables Y : les réponses
- Facultatif : le groupe de chaque variable (Eau, Sédiment…)
Pourquoi : Les rôles disent au moteur ce qui est mesuré, ce qui l’explique et ce qui groupe les observations : la même table répond à des questions différentes selon eux.
Étape 5 : Régler les options
Les options qui font cette figure sont déjà fixées. Restent :
- X (facteurs) et Y (réponses) : X les causes possibles (1 à 30), Y ce qu’elles pourraient expliquer (1 à 60).
- Coefficient et ajustement : Spearman pour des abondances ; Holm ou BH sur toutes les paires X × Y.
- Distance de Mantel : Bray-Curtis ou euclidienne : Bray-Curtis pour des abondances ou des comptages ; euclidienne sur variables centrées-réduites pour des mesures.
Pourquoi : Les valeurs par défaut sont les conventions des revues ; ne les changez que pour une raison que vous sauriez écrire dans votre section Méthodes.
Étape 6 : Lancer le calcul
Gratuit et complet sur le jeu d’exemple. Sur vos données : 5 crédits débités au lancement ; sans assez de crédits, un aperçu flouté, à débloquer pour 5 crédits.
Pourquoi : Le calcul est fait par R sur nos serveurs, et vous suivez ses étapes. S’il échoue, les crédits sont rendus.
Étape 7 : Lire les résultats
Les tableaux, l’interprétation en français ou en anglais et le paragraphe « Méthodes » prêt pour votre manuscrit.
Pourquoi : Chaque chiffre vient de R, et chaque phrase est un modèle rempli avec eux, jamais un texte inventé : vérifiez-les avec les tableaux.
Étape 8 : Télécharger la figure
PNG 300 DPI, PDF, EPS ou SVG, à 89 ou 183 mm ; les textes se modifient dans l’éditeur de figure.
Pourquoi : 89 mm est la largeur d’une colonne de revue, 183 mm celle d’une page : la figure est mise en page pour chacune, rien ne s’y chevauche.
3.Pourquoi et quand l’utiliser
Quand l’utiliser
Quand les variables de chaque ensemble se rangent en familles (eau / sédiment, groupes taxonomiques) : lire les corrélations bloc par bloc.
Exemple de question : Polychètes, mollusques et crustacés répondent-ils aux mêmes facteurs de l’eau et du sédiment ?
Ce que les résultats montrent
- Quels facteurs sont liés à quelles réponses, en heatmap étoilée, en anneau, en carrés ou en réseau biparti.
- Avec Mantel : si la composition des Y suit le gradient de chaque X (courbes du triangle colorées par p).
4.Méthode et packages R
Ce que le moteur R exécute pour cette figure : les packages, les fonctions principales, les étapes du calcul et les formules.
Packages R
- stats
- igraph
- ggplot2
- ggraph
- vegan
- ggh4x
cor(X, Y) · mantel(dist(Y), dist(X))
Fonctions principales
| Fonction | Package | Rôle |
|---|---|---|
| cor.test | stats | chaque paire |
| hclust | stats | ordre des variables |
| mantel (recodé) | moteur izistatistik | mêmes r que vegan::mantel |
| cluster_fast_greedy | igraph | modules du réseau |
| ggplot, ggraph | ggplot2, ggraph | les figures |
Ce que fait le script, dans l’ordre
- Teste chaque paire X × Y (cor.test), p ajustées.
- Range lignes et colonnes par classification hiérarchique des profils de corrélation.
- Test de Mantel : distances entre lignes, 999 permutations des lignes (graine fixe).
- Pour le réseau : liens significatifs au-dessus du seuil, modules et rôles Zi-Pi des nœuds.
Formules principales
Coefficient de Pearson
r = Σ (xᵢ − x̄)(yᵢ − ȳ) / √(Σ (xᵢ − x̄)² · Σ (yᵢ − ȳ)²)
Entre −1 et 1 : le signe dit le sens du lien, |r| sa force (Evans : < 0,2 très faible, < 0,4 faible, < 0,6 modérée, < 0,8 forte). Testé par t = r √((n − 2)/(1 − r²)).
Test de Mantel
r_M = cor(d_Y, d_X) ; p = (nombre de r_perm ≥ r_M + 1) / (999 + 1)
d_Y et d_X sont les distances entre toutes les paires de lignes. r_M > 0 et p < α : deux lignes proches par X le sont aussi par Y.
Rôles des nœuds (Guimerà et Amaral)
Zᵢ = (k_is − k̄_s) / σ_s ; Pᵢ = 1 − Σ_s (k_is / kᵢ)²
Zᵢ : liens dans son module ; Pᵢ : liens répartis entre modules. Zᵢ > 2,5 hub de module, Pᵢ > 0,62 connecteur.
À citer
- Mantel, N. (1967). The detection of disease clustering and a generalized regression approach. Cancer Research, 27(2), 209-220. PubMed (nouvel onglet)
- Ward, J. H. (1963). Hierarchical grouping to optimize an objective function. Journal of the American Statistical Association, 58(301), 236-244. doi:10.1080/01621459.1963.10500845 (nouvel onglet)
5.Données d’entrée
Une ligne par échantillon (site, parcelle), les colonnes numériques des X et celles des Y ; 6 lignes au moins.
Ce que la figure demande
- Les variables X : les facteurs
- Les variables Y : les réponses
- Facultatif : le groupe de chaque variable (Eau, Sédiment…)
Format : CSV, TXT ou Excel, une ligne d’en-tête avec le nom des colonnes. La virgule ou le point décimal, le séparateur et l’encodage sont reconnus seuls ; une case vide est une valeur manquante.
Le jeu d’exemple : Macrofaune d’un estuaire
Rôles : 10 espèces groupées en polychètes, gastéropodes, bivalves et crustacés ; 7 facteurs groupés en eau, sédiment et site.
6.Prix
5crédits
par lancement sur vos données. Chaque figure coûte 5 crédits, quelle qu’elle soit : la figure, ses tableaux, son interprétation et ses téléchargements sont compris.
| Pack | Prix du pack | Cette figure |
|---|---|---|
| Starter (50 crédits) | 500 FCFA | 50 FCFA |
| Standard (250 crédits) | 2 000 FCFA | 40 FCFA |
| Pro (700 crédits) | 5 000 FCFA | 36 FCFA |
- Gratuite sur son jeu d’exemple (macrofaune_estuaire.csv), résultats complets : pour la découvrir avant d’importer vos données.
- Sur vos données sans assez de crédits, elle se lance quand même en aperçu flouté, débloqué ensuite pour 5 crédits sans relancer le calcul.
- Si le calcul échoue, les crédits sont rendus.
- Paiement par mobile money ; voir les packs.
Lancer « Carrés proportionnels, axes emboîtés » sur vos données
Ou ouvrez-la gratuitement avec son jeu d’exemple pour voir chaque étape et des résultats complets avant d’importer votre fichier.