Double volcan (deux comparaisons)
Chaque gène placé selon son log2 fold change dans deux comparaisons : ce qui varie dans les deux, dans une seule ou en sens opposés, les plus marqués nommés.
Expression des gènes (omique) · Double volcan : deux comparaisons · 5 crédits
Lancer cette figure (nouvel onglet)1.Définition
La figure
Chaque gène placé selon son log2 fold change dans deux comparaisons : ce qui varie dans les deux, dans une seule ou en sens opposés, les plus marqués nommés.
L’analyse statistique : Double volcan : deux comparaisons
Compare deux comparaisons à la fois : le log2FC de A en x, celui de B en y. Chaque gène tombe dans un profil (en hausse dans les deux, dans A seulement, en sens opposés…).
2.Lancer l’analyse
Les étapes de « Nouvelle analyse », dans l’ordre : ce que chacune demande, et pourquoi.
Étape 1 : Choisir la figure
Ouvrez « Nouvelle analyse », famille « Omique » du ruban, puis cette figure.
Pourquoi : Chaque figure a ses propres options : la choisir d’abord fixe celles qui la font et masque celles des autres figures.
Étape 2 : Importer les données
Un fichier CSV, TXT ou Excel (.xlsx, .xls) de 50 Mo et 200 000 lignes au plus, ou « Utiliser le jeu d’exemple » : sur lui, la figure est gratuite.
Pourquoi : Le fichier est lu dans votre navigateur : seules les colonnes que vous choisirez partiront au calcul, et elles sont effacées du serveur au bout de 24 h.
Étape 3 : Vérifier le type des colonnes
Chaque colonne est reconnue numérique, catégorielle ou texte ; un clic sur son type le change.
Pourquoi : Le rôle qu’une colonne peut prendre dépend de son type : un facteur codé 1, 2, 3 doit passer en catégorielle pour être lu comme des groupes.
Étape 4 : Attribuer les rôles
Dites ce que représente chaque colonne, et ce que la figure vous demande :
- L’identifiant des gènes et leurs deux log2 fold change
- Facultatif : les p-values ajustées de chaque comparaison
Pourquoi : Les rôles disent au moteur ce qui est mesuré, ce qui l’explique et ce qui groupe les observations : la même table répond à des questions différentes selon eux.
Étape 5 : Régler les options
Les options qui font cette figure sont déjà fixées. Restent :
- Seuils de fold change et de p ajustée : Un gène est retenu dans une comparaison s’il passe les deux seuils dans celle-ci.
- Couleur par profil ou par classe du fichier : Par profil pour lire les 9 cas ; par classe pour voir où tombent vos familles de gènes.
Pourquoi : Les valeurs par défaut sont les conventions des revues ; ne les changez que pour une raison que vous sauriez écrire dans votre section Méthodes.
Étape 6 : Lancer le calcul
Gratuit et complet sur le jeu d’exemple. Sur vos données : 5 crédits débités au lancement ; sans assez de crédits, un aperçu flouté, à débloquer pour 5 crédits.
Pourquoi : Le calcul est fait par R sur nos serveurs, et vous suivez ses étapes. S’il échoue, les crédits sont rendus.
Étape 7 : Lire les résultats
Les tableaux, l’interprétation en français ou en anglais et le paragraphe « Méthodes » prêt pour votre manuscrit.
Pourquoi : Chaque chiffre vient de R, et chaque phrase est un modèle rempli avec eux, jamais un texte inventé : vérifiez-les avec les tableaux.
Étape 8 : Télécharger la figure
PNG 300 DPI, PDF, EPS ou SVG, à 89 ou 183 mm ; les textes se modifient dans l’éditeur de figure.
Pourquoi : 89 mm est la largeur d’une colonne de revue, 183 mm celle d’une page : la figure est mise en page pour chacune, rien ne s’y chevauche.
3.Pourquoi et quand l’utiliser
Quand l’utiliser
Pour comparer deux contrastes d’expression (deux stress, deux temps) : quels gènes répondent aux deux, à un seul, ou en sens opposés.
Exemple de question : Quels gènes réagissent dans les deux variétés de sorgho, ou dans une seule ?
Ce que les résultats montrent
- Si les deux comparaisons vont dans le même sens (ρ de Spearman, concordance, axe majeur).
- Les gènes propres à une comparaison et ceux qui s’opposent.
4.Méthode et packages R
Ce que le moteur R exécute pour cette figure : les packages, les fonctions principales, les étapes du calcul et les formules.
Packages R
- stats
- ggrepel
- ggplot2
log2FC A × log2FC B · p ajustées
Fonctions principales
| Fonction | Package | Rôle |
|---|---|---|
| cor.test | stats | Spearman, Pearson |
| binom.test | stats | concordance |
| geom_text_repel | ggrepel | noms des gènes |
Ce que fait le script, dans l’ordre
- Classe chaque gène dans l’un des 9 profils.
- Mesure l’accord : Spearman, Pearson, concordance des sens (test binomial), axe majeur (bootstrap).
- Dessine le double volcan à la même échelle, quadrants teintés, diagonale y = x.
Formules principales
Axe majeur (régression orthogonale)
pente = (s²_y − s²_x + √((s²_y − s²_x)² + 4 s²_xy)) / (2 s_xy)
La droite qui résume le nuage quand x et y ont la même incertitude : pente 1, les deux comparaisons changent autant.
Concordance
part des gènes retenus dans les deux qui varient dans le même sens
Testée par un test binomial exact contre 50 %.
À citer
- Benjamini, Y. & Hochberg, Y. (1995). Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing. Journal of the Royal Statistical Society, Series B, 57(1), 289-300. doi:10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x (nouvel onglet)
- Wickham, H. (2016). ggplot2: elegant graphics for data analysis. Springer (Use R!), 2ᵉ éd.. doi:10.1007/978-3-319-24277-4 (nouvel onglet)
5.Données d’entrée
Une ligne par gène : identifiant, log2FC de la comparaison A et de la comparaison B, et en option leurs p ajustées et une classe.
Ce que la figure demande
- L’identifiant des gènes et leurs deux log2 fold change
- Facultatif : les p-values ajustées de chaque comparaison
Format : CSV, TXT ou Excel, une ligne d’en-tête avec le nom des colonnes. La virgule ou le point décimal, le séparateur et l’encodage sont reconnus seuls ; une case vide est une valeur manquante.
Le jeu d’exemple : Expression sous sécheresse
Rôles : 2 000 gènes : log2FC et p ajustées de la variété locale et de la variété améliorée.
6.Prix
5crédits
par lancement sur vos données. Chaque figure coûte 5 crédits, quelle qu’elle soit : la figure, ses tableaux, son interprétation et ses téléchargements sont compris.
| Pack | Prix du pack | Cette figure |
|---|---|---|
| Starter (50 crédits) | 500 FCFA | 50 FCFA |
| Standard (250 crédits) | 2 000 FCFA | 40 FCFA |
| Pro (700 crédits) | 5 000 FCFA | 36 FCFA |
- Gratuite sur son jeu d’exemple (expression_secheresse.csv), résultats complets : pour la découvrir avant d’importer vos données.
- Sur vos données sans assez de crédits, elle se lance quand même en aperçu flouté, débloqué ensuite pour 5 crédits sans relancer le calcul.
- Si le calcul échoue, les crédits sont rendus.
- Paiement par mobile money ; voir les packs.
Lancer « Double volcan (deux comparaisons) » sur vos données
Ou ouvrez-la gratuitement avec son jeu d’exemple pour voir chaque étape et des résultats complets avant d’importer votre fichier.