Gènes par profil
Le nombre de gènes de chaque profil (en hausse ou en baisse dans les deux comparaisons, dans une seule, en sens opposés) et leur part du total.
Expression des gènes (omique) · Double volcan : deux comparaisons · 5 crédits
Lancer cette figure (nouvel onglet)1.Définition
La figure
Le nombre de gènes de chaque profil (en hausse ou en baisse dans les deux comparaisons, dans une seule, en sens opposés) et leur part du total.
L’analyse statistique : Double volcan : deux comparaisons
Compare deux comparaisons à la fois : le log2FC de A en x, celui de B en y. Chaque gène tombe dans un profil (en hausse dans les deux, dans A seulement, en sens opposés…).
2.Lancer l’analyse
Les étapes de « Nouvelle analyse », dans l’ordre : ce que chacune demande, et pourquoi.
Étape 1 : Choisir la figure
Ouvrez « Nouvelle analyse », famille « Omique » du ruban, puis cette figure.
Pourquoi : Chaque figure a ses propres options : la choisir d’abord fixe celles qui la font et masque celles des autres figures.
Étape 2 : Importer les données
Un fichier CSV, TXT ou Excel (.xlsx, .xls) de 50 Mo et 200 000 lignes au plus, ou « Utiliser le jeu d’exemple » : sur lui, la figure est gratuite.
Pourquoi : Le fichier est lu dans votre navigateur : seules les colonnes que vous choisirez partiront au calcul, et elles sont effacées du serveur au bout de 24 h.
Étape 3 : Vérifier le type des colonnes
Chaque colonne est reconnue numérique, catégorielle ou texte ; un clic sur son type le change.
Pourquoi : Le rôle qu’une colonne peut prendre dépend de son type : un facteur codé 1, 2, 3 doit passer en catégorielle pour être lu comme des groupes.
Étape 4 : Attribuer les rôles
Dites ce que représente chaque colonne, et ce que la figure vous demande :
- L’identifiant des gènes et leurs deux log2 fold change
- Facultatif : les p-values ajustées de chaque comparaison
Pourquoi : Les rôles disent au moteur ce qui est mesuré, ce qui l’explique et ce qui groupe les observations : la même table répond à des questions différentes selon eux.
Étape 5 : Régler les options
Les options qui font cette figure sont déjà fixées. Restent :
- Seuils de fold change et de p ajustée : Un gène est retenu dans une comparaison s’il passe les deux seuils dans celle-ci.
- Couleur par profil ou par classe du fichier : Par profil pour lire les 9 cas ; par classe pour voir où tombent vos familles de gènes.
Pourquoi : Les valeurs par défaut sont les conventions des revues ; ne les changez que pour une raison que vous sauriez écrire dans votre section Méthodes.
Étape 6 : Lancer le calcul
Gratuit et complet sur le jeu d’exemple. Sur vos données : 5 crédits débités au lancement ; sans assez de crédits, un aperçu flouté, à débloquer pour 5 crédits.
Pourquoi : Le calcul est fait par R sur nos serveurs, et vous suivez ses étapes. S’il échoue, les crédits sont rendus.
Étape 7 : Lire les résultats
Les tableaux, l’interprétation en français ou en anglais et le paragraphe « Méthodes » prêt pour votre manuscrit.
Pourquoi : Chaque chiffre vient de R, et chaque phrase est un modèle rempli avec eux, jamais un texte inventé : vérifiez-les avec les tableaux.
Étape 8 : Télécharger la figure
PNG 300 DPI, PDF, EPS ou SVG, à 89 ou 183 mm ; les textes se modifient dans l’éditeur de figure.
Pourquoi : 89 mm est la largeur d’une colonne de revue, 183 mm celle d’une page : la figure est mise en page pour chacune, rien ne s’y chevauche.
3.Pourquoi et quand l’utiliser
Quand l’utiliser
Pour résumer en chiffres les profils d’un double volcan : combien de gènes répondent aux deux comparaisons, à une seule, ou en sens opposés.
Exemple de question : Combien de gènes répondent dans les deux variétés, dans une seule, ou en sens opposés ?
Ce que les résultats montrent
- Si les deux comparaisons vont dans le même sens (ρ de Spearman, concordance, axe majeur).
- Les gènes propres à une comparaison et ceux qui s’opposent.
4.Méthode et packages R
Ce que le moteur R exécute pour cette figure : les packages, les fonctions principales, les étapes du calcul et les formules.
Packages R
- stats
- ggrepel
- ggplot2
log2FC A × log2FC B · p ajustées
Fonctions principales
| Fonction | Package | Rôle |
|---|---|---|
| cor.test | stats | Spearman, Pearson |
| binom.test | stats | concordance |
| geom_text_repel | ggrepel | noms des gènes |
Ce que fait le script, dans l’ordre
- Classe chaque gène dans l’un des 9 profils.
- Mesure l’accord : Spearman, Pearson, concordance des sens (test binomial), axe majeur (bootstrap).
- Dessine le double volcan à la même échelle, quadrants teintés, diagonale y = x.
Formules principales
Axe majeur (régression orthogonale)
pente = (s²_y − s²_x + √((s²_y − s²_x)² + 4 s²_xy)) / (2 s_xy)
La droite qui résume le nuage quand x et y ont la même incertitude : pente 1, les deux comparaisons changent autant.
Concordance
part des gènes retenus dans les deux qui varient dans le même sens
Testée par un test binomial exact contre 50 %.
À citer
- Benjamini, Y. & Hochberg, Y. (1995). Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing. Journal of the Royal Statistical Society, Series B, 57(1), 289-300. doi:10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x (nouvel onglet)
- Wickham, H. (2016). ggplot2: elegant graphics for data analysis. Springer (Use R!), 2ᵉ éd.. doi:10.1007/978-3-319-24277-4 (nouvel onglet)
5.Données d’entrée
Une ligne par gène : identifiant, log2FC de la comparaison A et de la comparaison B, et en option leurs p ajustées et une classe.
Ce que la figure demande
- L’identifiant des gènes et leurs deux log2 fold change
- Facultatif : les p-values ajustées de chaque comparaison
Format : CSV, TXT ou Excel, une ligne d’en-tête avec le nom des colonnes. La virgule ou le point décimal, le séparateur et l’encodage sont reconnus seuls ; une case vide est une valeur manquante.
Le jeu d’exemple : Expression sous sécheresse
Rôles : 2 000 gènes classés en profils selon leurs deux log2 fold change et p ajustées.
6.Prix
5crédits
par lancement sur vos données. Chaque figure coûte 5 crédits, quelle qu’elle soit : la figure, ses tableaux, son interprétation et ses téléchargements sont compris.
| Pack | Prix du pack | Cette figure |
|---|---|---|
| Starter (50 crédits) | 500 FCFA | 50 FCFA |
| Standard (250 crédits) | 2 000 FCFA | 40 FCFA |
| Pro (700 crédits) | 5 000 FCFA | 36 FCFA |
- Gratuite sur son jeu d’exemple (expression_secheresse.csv), résultats complets : pour la découvrir avant d’importer vos données.
- Sur vos données sans assez de crédits, elle se lance quand même en aperçu flouté, débloqué ensuite pour 5 crédits sans relancer le calcul.
- Si le calcul échoue, les crédits sont rendus.
- Paiement par mobile money ; voir les packs.
Lancer « Gènes par profil » sur vos données
Ou ouvrez-la gratuitement avec son jeu d’exemple pour voir chaque étape et des résultats complets avant d’importer votre fichier.