Heatmap à cases arrondies, crochets imbriqués
Une heatmap aux cases arrondies, ses caractéristiques (voies, gènes) en lignes et ses échantillons en colonnes, rangés sous deux rangées de crochets : leur groupe en couleur, le groupe qui l’englobe en gras, le dégradé bleu, blanc et rose centré sur 0, comme la figure de Nature (2025).
1.Définition
La figure
Une heatmap aux cases arrondies, ses caractéristiques (voies, gènes) en lignes et ses échantillons en colonnes, rangés sous deux rangées de crochets : leur groupe en couleur, le groupe qui l’englobe en gras, le dégradé bleu, blanc et rose centré sur 0, comme la figure de Nature (2025).
L’analyse statistique : Heatmap groupée
Une heatmap d’un tableau long (caractéristique × échantillon), les échantillons réunis par groupe en blocs ou sous des crochets emboîtés, les valeurs en score z par caractéristique.
2.Lancer l’analyse
Les étapes de « Nouvelle analyse », dans l’ordre : ce que chacune demande, et pourquoi.
Étape 1 : Choisir la figure
Ouvrez « Nouvelle analyse », famille « Multivarié » du ruban, puis cette figure.
Pourquoi : Chaque figure a ses propres options : la choisir d’abord fixe celles qui la font et masque celles des autres figures.
Étape 2 : Importer les données
Un fichier CSV, TXT ou Excel (.xlsx, .xls) de 50 Mo et 200 000 lignes au plus, ou « Utiliser le jeu d’exemple » : sur lui, la figure est gratuite.
Pourquoi : Le fichier est lu dans votre navigateur : seules les colonnes que vous choisirez partiront au calcul, et elles sont effacées du serveur au bout de 24 h.
Étape 3 : Vérifier le type des colonnes
Chaque colonne est reconnue numérique, catégorielle ou texte ; un clic sur son type le change.
Pourquoi : Le rôle qu’une colonne peut prendre dépend de son type : un facteur codé 1, 2, 3 doit passer en catégorielle pour être lu comme des groupes.
Étape 4 : Attribuer les rôles
Dites ce que représente chaque colonne, et ce que la figure vous demande :
- Un tableau long : caractéristique, échantillon et valeur, une ligne par paire
- Le groupe de chaque échantillon (crochets colorés) et, facultatif, le groupe qui l’englobe (crochets en gras)
Pourquoi : Les rôles disent au moteur ce qui est mesuré, ce qui l’explique et ce qui groupe les observations : la même table répond à des questions différentes selon eux.
Étape 5 : Régler les options
Les options qui font cette figure sont déjà fixées. Restent :
- Disposition : grille, blocs ou crochets emboîtés : Les blocs donnent à chaque groupe ses propres caractéristiques ; les crochets emboîtés montrent deux niveaux de groupes (traitement > jour).
- Échelle : 0–1, observée ou score z : Le score z par caractéristique compare chaque ligne à sa propre moyenne : pour des valeurs d’ordres de grandeur différents.
Pourquoi : Les valeurs par défaut sont les conventions des revues ; ne les changez que pour une raison que vous sauriez écrire dans votre section Méthodes.
Étape 6 : Lancer le calcul
Gratuit et complet sur le jeu d’exemple. Sur vos données : 5 crédits débités au lancement ; sans assez de crédits, un aperçu flouté, à débloquer pour 5 crédits.
Pourquoi : Le calcul est fait par R sur nos serveurs, et vous suivez ses étapes. S’il échoue, les crédits sont rendus.
Étape 7 : Lire les résultats
Les tableaux, l’interprétation en français ou en anglais et le paragraphe « Méthodes » prêt pour votre manuscrit.
Pourquoi : Chaque chiffre vient de R, et chaque phrase est un modèle rempli avec eux, jamais un texte inventé : vérifiez-les avec les tableaux.
Étape 8 : Télécharger la figure
PNG 300 DPI, PDF, EPS ou SVG, à 89 ou 183 mm ; les textes se modifient dans l’éditeur de figure.
Pourquoi : 89 mm est la largeur d’une colonne de revue, 183 mm celle d’une page : la figure est mise en page pour chacune, rien ne s’y chevauche.
3.Pourquoi et quand l’utiliser
Quand l’utiliser
Pour des scores qui montent ou descendent autour de 0 (activation de voies, scores z, log2 fold change) dans des échantillons organisés sur deux niveaux : un jour dans un traitement, un type cellulaire dans une condition.
Exemple de question : Quelles voies s’activent ou s’éteignent dans les feuilles du sorgho sous sécheresse et sous sel, semaine après semaine ?
Ce que les résultats montrent
- Quelles caractéristiques (gènes, voies, marqueurs) sont hautes ou basses dans quels groupes d’échantillons.
- Des motifs qui se répètent d’un groupe à l’autre, ou propres à un groupe.
4.Méthode et packages R
Ce que le moteur R exécute pour cette figure : les packages, les fonctions principales, les étapes du calcul et les formules.
Packages R
- ggplot2
- ggh4x
- ggforce
- legendry
valeur ~ caractéristique × échantillon
Fonctions principales
| Fonction | Package | Rôle |
|---|---|---|
| geom_tile | ggplot2 | les cases |
| facet_wrap2, force_panelsizes | ggh4x | blocs proportionnés |
| geom_shape | ggforce | cases arrondies |
| guide_axis_nested | legendry | crochets emboîtés |
Ce que fait le script, dans l’ordre
- Vérifie qu’une paire caractéristique × échantillon n’apparaît qu’une fois.
- Calcule l’échelle choisie (score z saturé à ±2).
- Range les colonnes par groupe et dessine les cases (ggplot2, ggh4x, ggforce), bandeaux et crochets.
Formules principales
Score z par caractéristique
zᵢⱼ = (xᵢⱼ − x̄ᵢ) / sᵢ
Combien d’écarts types l’échantillon j est au-dessus (rouge) ou au-dessous (bleu) de la moyenne de la caractéristique i.
À citer
- Wickham, H. (2016). ggplot2: elegant graphics for data analysis. Springer (Use R!), 2ᵉ éd.. doi:10.1007/978-3-319-24277-4 (nouvel onglet)
5.Données d’entrée
Tableau long : une ligne par paire caractéristique × échantillon (caractéristique, échantillon, groupe, valeur ; catégorie facultative).
Ce que la figure demande
- Un tableau long : caractéristique, échantillon et valeur, une ligne par paire
- Le groupe de chaque échantillon (crochets colorés) et, facultatif, le groupe qui l’englobe (crochets en gras)
Format : CSV, TXT ou Excel, une ligne d’en-tête avec le nom des colonnes. La virgule ou le point décimal, le séparateur et l’encodage sont reconnus seuls ; une case vide est une valeur manquante.
Le jeu d’exemple : Voies du sorgho sous stress
Rôles : Score d’activation de 12 voies dans 27 plants (Echantillon), sous un crochet par Jour (J7, J14, J21) et un crochet en gras par Traitement (Témoin, Sécheresse, Salinité).
6.Prix
5crédits
par lancement sur vos données. Chaque figure coûte 5 crédits, quelle qu’elle soit : la figure, ses tableaux, son interprétation et ses téléchargements sont compris.
| Pack | Prix du pack | Cette figure |
|---|---|---|
| Starter (50 crédits) | 500 FCFA | 50 FCFA |
| Standard (250 crédits) | 2 000 FCFA | 40 FCFA |
| Pro (700 crédits) | 5 000 FCFA | 36 FCFA |
- Gratuite sur son jeu d’exemple (sorgho_voies_stress.csv), résultats complets : pour la découvrir avant d’importer vos données.
- Sur vos données sans assez de crédits, elle se lance quand même en aperçu flouté, débloqué ensuite pour 5 crédits sans relancer le calcul.
- Si le calcul échoue, les crédits sont rendus.
- Paiement par mobile money ; voir les packs.
Lancer « Heatmap à cases arrondies, crochets imbriqués » sur vos données
Ou ouvrez-la gratuitement avec son jeu d’exemple pour voir chaque étape et des résultats complets avant d’importer votre fichier.