Triplot de la RDA
Les sites, les espèces et les flèches des variables explicatives sur les deux premiers axes d’une RDA : quelles espèces suivent quel facteur.
Communautés : milieu et espace · Partition de la variance (VPA) · 5 crédits
Lancer cette figure (nouvel onglet)1.Définition
La figure
Les sites, les espèces et les flèches des variables explicatives sur les deux premiers axes d’une RDA : quelles espèces suivent quel facteur.
L’analyse statistique : Partition de la variance (VPA)
La partition de la variance (VPA) dit quelle part de la composition d’une communauté s’explique par chaque bloc de variables (sol, climat, espace) seul, et quelle part est partagée, par RDA ou CCA.
2.Lancer l’analyse
Les étapes de « Nouvelle analyse », dans l’ordre : ce que chacune demande, et pourquoi.
Étape 1 : Choisir la figure
Ouvrez « Nouvelle analyse », famille « Communautés » du ruban, puis cette figure.
Pourquoi : Chaque figure a ses propres options : la choisir d’abord fixe celles qui la font et masque celles des autres figures.
Étape 2 : Importer les données
Un fichier CSV, TXT ou Excel (.xlsx, .xls) de 50 Mo et 200 000 lignes au plus, ou « Utiliser le jeu d’exemple » : sur lui, la figure est gratuite.
Pourquoi : Le fichier est lu dans votre navigateur : seules les colonnes que vous choisirez partiront au calcul, et elles sont effacées du serveur au bout de 24 h.
Étape 3 : Vérifier le type des colonnes
Chaque colonne est reconnue numérique, catégorielle ou texte ; un clic sur son type le change.
Pourquoi : Le rôle qu’une colonne peut prendre dépend de son type : un facteur codé 1, 2, 3 doit passer en catégorielle pour être lu comme des groupes.
Étape 4 : Attribuer les rôles
Dites ce que représente chaque colonne, et ce que la figure vous demande :
- La communauté : une colonne par espèce
- Les variables explicatives, rangées en blocs
Pourquoi : Les rôles disent au moteur ce qui est mesuré, ce qui l’explique et ce qui groupe les observations : la même table répond à des questions différentes selon eux.
Étape 5 : Régler les options
Les options qui font cette figure sont déjà fixées. Restent :
- Blocs de variables (1 à 4) et bloc spatial : Chaque bloc est une hypothèse (le sol, le climat) ; les coordonnées X et Y ajoutent l’espace (PCNM).
- Transformation : Hellinger (défaut), corde, log : Hellinger rend la RDA adaptée aux abondances d’espèces (beaucoup de zéros).
- Sélection pas à pas : Ne garde dans chaque bloc que les variables utiles (Blanchet et al. 2008), pour éviter de gonfler les fractions.
Pourquoi : Les valeurs par défaut sont les conventions des revues ; ne les changez que pour une raison que vous sauriez écrire dans votre section Méthodes.
Étape 6 : Lancer le calcul
Gratuit et complet sur le jeu d’exemple. Sur vos données : 5 crédits débités au lancement ; sans assez de crédits, un aperçu flouté, à débloquer pour 5 crédits.
Pourquoi : Le calcul est fait par R sur nos serveurs, et vous suivez ses étapes. S’il échoue, les crédits sont rendus.
Étape 7 : Lire les résultats
Les tableaux, l’interprétation en français ou en anglais et le paragraphe « Méthodes » prêt pour votre manuscrit.
Pourquoi : Chaque chiffre vient de R, et chaque phrase est un modèle rempli avec eux, jamais un texte inventé : vérifiez-les avec les tableaux.
Étape 8 : Télécharger la figure
PNG 300 DPI, PDF, EPS ou SVG, à 89 ou 183 mm ; les textes se modifient dans l’éditeur de figure.
Pourquoi : 89 mm est la largeur d’une colonne de revue, 183 mm celle d’une page : la figure est mise en page pour chacune, rien ne s’y chevauche.
3.Pourquoi et quand l’utiliser
Quand l’utiliser
Pour relier la composition d’une communauté à des variables explicatives : quelles espèces sont associées à quel facteur.
Exemple de question : Quelles espèces herbacées suivent la pluie, l’argile ou le pâturage ?
Ce que les résultats montrent
- Les fractions propres à chaque bloc et les fractions communes (diagramme de Venn ou barres), en R² ajusté.
- Le triplot : sites, espèces et variables dans le plan de la RDA.
4.Méthode et packages R
Ce que le moteur R exécute pour cette figure : les packages, les fonctions principales, les étapes du calcul et les formules.
Packages R
- vegan
- ggplot2
varpart(Y, milieu, espace) · RDA partielle
Fonctions principales
| Fonction | Package | Rôle |
|---|---|---|
| varpart, RsquareAdj | vegan | fractions, R² ajustés et leurs lettres |
| ordiR2step | vegan | sélection pas à pas |
| pcnm | vegan | bloc spatial |
| anova.cca | vegan | tests par permutations |
| ggplot | ggplot2 | Venn, barres, triplot |
Ce que fait le script, dans l’ordre
- Transforme la communauté, construit le bloc spatial (PCNM).
- Sélectionne les variables de chaque bloc par permutations.
- Calcule le R² ajusté de chaque union de blocs, puis les fractions par inversion de Möbius.
- Teste le modèle complet, chaque bloc et chaque part propre (999 permutations).
Formules principales
R² ajusté d’Ezekiel
R²adj = 1 − (1 − R²)(n − 1) / (n − m − 1)
R² corrigé du nombre m de variables : une variable au hasard n’ajoute plus rien en moyenne.
Fractions à deux blocs
[a] = R²(A ∪ B) − R²(B) ; [b] = R²(A ∪ B) − R²(A) ; [c] = R²(A) + R²(B) − R²(A ∪ B)
[a] et [b] sont propres à chaque bloc, [c] est partagée, le reste est inexpliqué.
À citer
- Borcard, D., Legendre, P. & Drapeau, P. (1992). Partialling out the spatial component of ecological variation. Ecology, 73(3), 1045-1055. doi:10.2307/1940179 (nouvel onglet)
- Peres-Neto, P. R., Legendre, P., Dray, S. & Borcard, D. (2006). Variation partitioning of species data matrices: estimation and comparison of fractions. Ecology, 87(10), 2614-2625. doi:10.1890/0012-9658(2006)87[2614:VPOSDM]2.0.CO;2 (nouvel onglet)
- Legendre, P. & Gallagher, E. D. (2001). Ecologically meaningful transformations for ordination of species data. Oecologia, 129(2), 271-280. doi:10.1007/s004420100716 (nouvel onglet)
5.Données d’entrée
Une ligne par site : les colonnes de la communauté (abondances) et les colonnes des variables explicatives, réparties en blocs ; X et Y en option.
Ce que la figure demande
- La communauté : une colonne par espèce
- Les variables explicatives, rangées en blocs
Format : CSV, TXT ou Excel, une ligne d’en-tête avec le nom des colonnes. La virgule ou le point décimal, le séparateur et l’encodage sont reconnus seuls ; une case vide est une valeur manquante.
Le jeu d’exemple : Herbacées du Ferlo
Rôles : 18 espèces des 60 relevés et les variables du milieu sur les axes de la RDA.
6.Prix
5crédits
par lancement sur vos données. Chaque figure coûte 5 crédits, quelle qu’elle soit : la figure, ses tableaux, son interprétation et ses téléchargements sont compris.
| Pack | Prix du pack | Cette figure |
|---|---|---|
| Starter (50 crédits) | 500 FCFA | 50 FCFA |
| Standard (250 crédits) | 2 000 FCFA | 40 FCFA |
| Pro (700 crédits) | 5 000 FCFA | 36 FCFA |
- Gratuite sur son jeu d’exemple (herbacees_ferlo.csv), résultats complets : pour la découvrir avant d’importer vos données.
- Sur vos données sans assez de crédits, elle se lance quand même en aperçu flouté, débloqué ensuite pour 5 crédits sans relancer le calcul.
- Si le calcul échoue, les crédits sont rendus.
- Paiement par mobile money ; voir les packs.
Lancer « Triplot de la RDA » sur vos données
Ou ouvrez-la gratuitement avec son jeu d’exemple pour voir chaque étape et des résultats complets avant d’importer votre fichier.