Waterfall sous une grille d’annotations
Une barre par individu, triée de la plus haute à la plus basse et colorée par sa réponse, sous une grille de ses caractéristiques (une case par individu) avec les seuils en tirets.
Réponse de chaque individu · Waterfall et annotations · 5 crédits
Lancer cette figure (nouvel onglet)1.Définition
La figure
Une barre par individu, triée de la plus haute à la plus basse et colorée par sa réponse, sous une grille de ses caractéristiques (une case par individu) avec les seuils en tirets.
L’analyse statistique : Waterfall et annotations
Une barre par individu, triées de la plus forte variation à la plus faible (réponse à un traitement), et au-dessus une grille d’annotations (sexe, race, régime) testées contre le groupe de réponse.
2.Lancer l’analyse
Les étapes de « Nouvelle analyse », dans l’ordre : ce que chacune demande, et pourquoi.
Étape 1 : Choisir la figure
Ouvrez « Nouvelle analyse », famille « Individus » du ruban, puis cette figure.
Pourquoi : Chaque figure a ses propres options : la choisir d’abord fixe celles qui la font et masque celles des autres figures.
Étape 2 : Importer les données
Un fichier CSV, TXT ou Excel (.xlsx, .xls) de 50 Mo et 200 000 lignes au plus, ou « Utiliser le jeu d’exemple » : sur lui, la figure est gratuite.
Pourquoi : Le fichier est lu dans votre navigateur : seules les colonnes que vous choisirez partiront au calcul, et elles sont effacées du serveur au bout de 24 h.
Étape 3 : Vérifier le type des colonnes
Chaque colonne est reconnue numérique, catégorielle ou texte ; un clic sur son type le change.
Pourquoi : Le rôle qu’une colonne peut prendre dépend de son type : un facteur codé 1, 2, 3 doit passer en catégorielle pour être lu comme des groupes.
Étape 4 : Attribuer les rôles
Dites ce que représente chaque colonne, et ce que la figure vous demande :
- Une valeur numérique par individu (variation en %, score)
- Facultatif : son nom, un groupe de réponse et jusqu’à huit caractéristiques
Pourquoi : Les rôles disent au moteur ce qui est mesuré, ce qui l’explique et ce qui groupe les observations : la même table répond à des questions différentes selon eux.
Étape 5 : Régler les options
Les options qui font cette figure sont déjà fixées. Restent :
- Tri des barres : Décroissant par défaut ; par groupe puis valeur pour séparer répondeurs et non-répondeurs.
- Seuils (jusqu’à 4) : Les seuils cliniques de votre domaine : le moteur compte les individus de chaque côté.
Pourquoi : Les valeurs par défaut sont les conventions des revues ; ne les changez que pour une raison que vous sauriez écrire dans votre section Méthodes.
Étape 6 : Lancer le calcul
Gratuit et complet sur le jeu d’exemple. Sur vos données : 5 crédits débités au lancement ; sans assez de crédits, un aperçu flouté, à débloquer pour 5 crédits.
Pourquoi : Le calcul est fait par R sur nos serveurs, et vous suivez ses étapes. S’il échoue, les crédits sont rendus.
Étape 7 : Lire les résultats
Les tableaux, l’interprétation en français ou en anglais et le paragraphe « Méthodes » prêt pour votre manuscrit.
Pourquoi : Chaque chiffre vient de R, et chaque phrase est un modèle rempli avec eux, jamais un texte inventé : vérifiez-les avec les tableaux.
Étape 8 : Télécharger la figure
PNG 300 DPI, PDF, EPS ou SVG, à 89 ou 183 mm ; les textes se modifient dans l’éditeur de figure.
Pourquoi : 89 mm est la largeur d’une colonne de revue, 183 mm celle d’une page : la figure est mise en page pour chacune, rien ne s’y chevauche.
3.Pourquoi et quand l’utiliser
Quand l’utiliser
Pour montrer la réponse de chaque individu (patient, plant, animal), classée, avec ses caractéristiques en dessous : qui répond, et qui sont-ils.
Exemple de question : Quelles chèvres répondent au vermifuge, et la molécule ou le pâturage y sont-ils pour quelque chose ?
Ce que les résultats montrent
- La réponse individuelle de chaque sujet et les seuils (répondeurs sous −90 %, par exemple).
- Quelles annotations sont liées à la réponse (Fisher, V de Cramér ; Mann-Whitney ou Kruskal des valeurs).
4.Méthode et packages R
Ce que le moteur R exécute pour cette figure : les packages, les fonctions principales, les étapes du calcul et les formules.
Packages R
- stats
- ggplot2
- gtable
fisher.test(table(annotation, groupe)) · wilcox.test / kruskal.test(valeur ~ annotation)
Fonctions principales
| Fonction | Package | Rôle |
|---|---|---|
| fisher.test | stats | annotations contre le groupe |
| wilcox.test, kruskal.test | stats | valeurs par niveau |
| ggplot, gtable | ggplot2, gtable | barres et grille |
Ce que fait le script, dans l’ordre
- Trie les individus et compte ceux au-delà de chaque seuil.
- Teste chaque annotation contre le groupe (Fisher exact ou Monte-Carlo) et compare les valeurs par niveau.
- Ajuste les p sur l’ensemble des annotations (BH).
- Dessine la grille d’annotations alignée sur les barres (gtable).
Formules principales
Test exact de Fisher
p = somme des probabilités hypergéométriques des tableaux aussi extrêmes que l’observé
Exact, sans condition d’effectifs : p < α, l’annotation est liée au groupe de réponse.
À citer
- Fisher, R. A. (1922). On the interpretation of χ² from contingency tables, and the calculation of P. Journal of the Royal Statistical Society, 85(1), 87-94. doi:10.2307/2340521 (nouvel onglet)
- Mann, H. B. & Whitney, D. R. (1947). On a test of whether one of two random variables is stochastically larger than the other. The Annals of Mathematical Statistics, 18(1), 50-60. doi:10.1214/aoms/1177730491 (nouvel onglet)
- Kruskal, W. H. & Wallis, W. A. (1952). Use of ranks in one-criterion variance analysis. Journal of the American Statistical Association, 47(260), 583-621. doi:10.1080/01621459.1952.10483441 (nouvel onglet)
- Benjamini, Y. & Hochberg, Y. (1995). Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing. Journal of the Royal Statistical Society, Series B, 57(1), 289-300. doi:10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x (nouvel onglet)
- Wickham, H. (2016). ggplot2: elegant graphics for data analysis. Springer (Use R!), 2ᵉ éd.. doi:10.1007/978-3-319-24277-4 (nouvel onglet)
5.Données d’entrée
Une ligne par individu : la valeur des barres, un nom facultatif, un groupe de réponse et 0 à 8 colonnes d’annotations catégorielles.
Ce que la figure demande
- Une valeur numérique par individu (variation en %, score)
- Facultatif : son nom, un groupe de réponse et jusqu’à huit caractéristiques
Format : CSV, TXT ou Excel, une ligne d’en-tête avec le nom des colonnes. La virgule ou le point décimal, le séparateur et l’encodage sont reconnus seuls ; une case vide est une valeur manquante.
Le jeu d’exemple : Réponse de chèvres au vermifuge
Rôles : 40 chèvres : Variation_OPG_pct (œufs par gramme, en %) en barres, Chevre en noms, Reponse en groupe, Molecule, Paturage, Race, Sexe, Age et Coproculture en annotations.
6.Prix
5crédits
par lancement sur vos données. Chaque figure coûte 5 crédits, quelle qu’elle soit : la figure, ses tableaux, son interprétation et ses téléchargements sont compris.
| Pack | Prix du pack | Cette figure |
|---|---|---|
| Starter (50 crédits) | 500 FCFA | 50 FCFA |
| Standard (250 crédits) | 2 000 FCFA | 40 FCFA |
| Pro (700 crédits) | 5 000 FCFA | 36 FCFA |
- Gratuite sur son jeu d’exemple (vermifuge_chevres.csv), résultats complets : pour la découvrir avant d’importer vos données.
- Sur vos données sans assez de crédits, elle se lance quand même en aperçu flouté, débloqué ensuite pour 5 crédits sans relancer le calcul.
- Si le calcul échoue, les crédits sont rendus.
- Paiement par mobile money ; voir les packs.
Lancer « Waterfall sous une grille d’annotations » sur vos données
Ou ouvrez-la gratuitement avec son jeu d’exemple pour voir chaque étape et des résultats complets avant d’importer votre fichier.